مساله حماس یکی دیگر از پیچیدگی های بحران قطر با عربستان سعودی و امارات متحده عربی و دیگر کشورهای عرب سنی منطقه است. در سال های اخیر حماس رابطه ای متلاطم با عربستان و ایران داشته است.
«گِرگ کارلستروم» در آتلانتیک نوشت، تهران زمانی بزرگترین حامی حماس بود و پول و سلاح در اختیار این گروه می گذاشت تا این که فلسطینی ها از قیام علیه بشار اسد در سوریه حمایت کردند و دو طرف در سال دو هزار و دوازده از یکدیگر فاصله گرفتند. تهران خیلی زود کمک های نظامی به حماس را قطع کرد.
پس از اختلافات ایران و حماس بر سر آینده بشار اسد در سوریه، خالد مشعل، رهبر پیشین حماس، مجبور به ترک پایگاه دیرین اش در قطر شده و راه دوحه را در پیش گرفت. در قطر از حماس استقبال فوق العاده ای شد.
خالد مشعل که رهبری سیاسی حماس را در دست داشت تلاش کرد به کشورهای عرب حاشیه خلیج فارس نزدیکتر شود و حتی به دیدار ملک سلمان پادشاه عربستان رفت. گردان های قسام، شاخه نظامی حماس، همچنان خواهان حفظ ارتباط با تهران بودند ولی رهبران سیاسی حماس می خواستند در صحنه بین المللی به رسمیت شناخته شوند.
حال فشار ریاض بر قطر برای قطع رابطه با حماس و اخراج رهبر این گروه از دوحه به احتمال زیاد رهبران حماس را دوباره به آغوش تهران بازخواهد گرداند.