مرگ اکبر هاشمی رفسنجانی حدود ۲۰ سال پس از پایان دوران ریاست جمهوری او، هنگامی رقم خورد که بسیاری از منتقدانش پیش از او رفته بودند و امکان نقد عملکردش را نداشتند.
آقای هاشمی که از او به عنوان با نفوذترین چهره سیاسی پس از انقلاب و معمار هرم قدرت جمهوری اسلامی پس از مرگ آیت الله خمینی یاد می‌شود، در حیات سیاسی پس از انقلاب هم مورد نقد منتقدان جمهوری اسلامی قرار گرفت و هم حملات چهره‌های تندروی جمهوری اسلامی و نزدیکان آیت الله خامنه‌ای را به خود دید.
در این بین، نقد منتقدان جمهوری اسلامی در حالی عملکرد اکبر هاشمی رفسنجانی را زیر سوال می‌برد که او به همان اندازه که در تحولات مختلف تاثیرگذار بود، در مقاطع حساس سکوت پیشه کرده بود.
از سرکوب مخالفان تا جنگ خونین در دهه ۸۰ میلادی
پس از برخورد با مخالفان و اعدام های سالهای آغازین دهه ۶۰، مهمترین اتفاقی که کشور ایران و حکومت جمهوری اسلامی با آن درگیر بود، جنگ با عراق بود.
این جنگ که فرماندهی آن پس خلع ابوالحسن بنی صدر از ریاست جمهوری توسط آیت الله خمینی به اکبر هاشمی رفسنجانی سپرده شده بود در سالهای پایانی با شکست‌های پیاپی نیروهای ایران همراه بود. جالب اینکه هر دو گروه از منتقدان آقای هاشمی رفسنجانی او را در نحوه پذیرش پایان جنگ مقصر می‌دانند.
مخالفان جمهوری اسلامی او را عامل طول کشیدن جنگ و نپذیرفتن صلح در سالهای پیش میانی دهه ۶۰ می دانند و منتقدان داخلی از جمله برخی از فرماندهان سپاه، آقای هاشمی را مسئول تحمیل پذیرش صلح به آیت الله خمینی می دانند. به هر روی بخش مهمی از مسئولیت ادامه جنگ پس از آزادی خرمشهر و شکست‌های بزرگی چون عملیات کربلای ۵ و شکست و عقب نشینی از فاو ، در کارنامه آقای هاشمی نقش بسته است.
حضور مک فارلین در ایران در بهار ۱۹۸۶
در همان دوران جنگ، اتفاق مهم و سوال برانگیزی که مسئولیت مستقیم آن در ایران بر عهده هاشمی رفسنجانی بود، حضور رابرت مک فارلین در بهار سال ۶۵(۱۹۸۶ میلادی) در تهران برای دیدار با مقامات جمهوری اسلامی و پیشبرد برنامه ای بود که در ازای فروش سلاح به ایران امکان آزادی گروگانهای آمریکایی در لبنان را فراهم می‌کرد.
این رسوایی سیاسی که از رابطه پنهانی مقامات جمهوری اسلامی با مقامات ایالات متحده در اوج جنگ ایران و عراق پرده برداشت، اتهامات بسیاری را متوجه اکبر هاشمی رفسنجانی کرد اما با حمایت آیت الله خمینی، او این بحران را پشت سر گذاشت.
سکوت در برابر اعدام های سال ۶۷ (۱۹۸۸)
یکی از سکوت‌های معنادار و انتقاد برانگیز هاشمی رفسنجانی، در آخرین سالهای عمر آیت الله خمینی رقم خورد.
تابستان سال ۶۷، هنگامی که رهبر وقت جمهوری اسلامی دستور اعدام گسترده زندانیان سیاسی را صادر کرد، هاشمی رفسنجانی همانند بسیاری از مقام‌ها سکوت اختیار کرد و پس از آن نیز سخنی از آن به میان نیاورد.
تلاش برای رهبری خامنه ای-۱۹۸۹
نقش آفرینی مهم هاشمی رفسنجانی در رسیدن آیت الله خامنه‌ای به رهبری پس از مرگ آیت الله خمینی، از نگاه بسیاری از منتقدان جزو نیمه تاریک کارنامه او محسوب می‌شود، آن هم در حالیکه منتقدان، از جمله آیت الله منتظری، معتقد بودند شخصی مانند آقای خامنه ای وزن کافی برای رهبری سیاسی مذهبی کشور را ندارد.
جلسه انتخاب رهبری خامنه ای در مجلس خبرگان
بعدها با گسترده تر شدن قدرت آقای خامنه‌ای و عملکرد او در سرکوب منتقدان و اصلاح طلبان، آسیب نقش آفرینی آقای هاشمی در به قدرت رساندن آقای خامنه ای بیشتر نمایان شد.
بنی صدر: او مسئول است
در این بین ابوالحسن بنی صدر، نخستین رئیس جمهوری ایران که مخالفت های هاشمی رفسنجانی را در دوران کوتاه ریاست جمهوری خود تحمل کرد به صدای آمریکا گفت که بهترین قضاوت در مورد عملکرد آقای هاشمی بررسی وضعیت کنونی ایران است.
به گفته او آقای هاشمی حتی بیشتر از آیت الله خامنه‌ای در وضعیت کنونی ایران سهیم بوده است. او اضافه کرد که رهبر کنونی جمهوری اسلامی را نیز آقای هاشمی رفسنجانی با به گفته او، جعل نامه و نقل قول به عنوان رهبر به مردم تحمیل کرد.
اصلاح قانون اساسی و کمک به محدود کردن دموکراسی - ۱۹۸۹
اصلاح قانون اساسی در جهت محدودتر کردن مردمسالاری، که در تابستان سال ۶۸ تقریبا همزمان با انتخاب رهبر جدید صورت گرفت، بخشی از نیمه تاریک زندگی سیاسی هاشمی رفسنجانی را تشکیل می‌دهد.
آقای هاشمی که عضو شورای بازنگری قانون اساسی بود، نقش به سزایی در تغییر این قانون ایفا کرد. تغییرات قانون اساسی شامل حذف شرط مرجعیت از سمت رهبر جمهوری اسلامی، حذف سمت نخست وزیری از دولت، تغییر ولایت امر به ولایت مطلقه امر، افزایش اختیارات رهبری، افزایش اختیارات شورای نگهبان و تشکیل مجمع تشخیص مصلحت نظام بود.
بازداشت مخالفان و ملی مذهبی ها ۱۹۹۰
در دوران ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی، بسیاری از انتقادات به دولت او به عملکرد وزارت اطلاعات، وزارت ارشاد و وزارت کشور باز می‌گشت.
مخالفان و منتقدان پس از هر اظهار نظر علیه او یا رهبر جمهوری اسلامی توسط وزارت اطلاعات تهدید و بازداشت و بازجویی می شدند. یکی از اولین نمونه‌ها از این دست، بازداشت بیش از بیست فعال ملی مذهبی و عضو نهضت آزادی پس از نگارش نامه انتقادی به آقای هاشمی بود. این نامه که ۹۰ امضا از جمله امضای افرادی چون مهدی بازرگان، یدالله سحابی و عزت الله سحابی را پای خود داشت، از نخستین نمونه های اعتراض به وضعیت موجود پس از انقلاب محسوب می شد و البته با برخورد امنیتی روبرو شد.
آزار و سرکوب روشنفکران ۱۹۹۱ -۱۹۹۷
در دوره دوم ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی، برخوردهای امنیتی در داخل با مرگ مشکوک مخالفان همراه شد.
وزارت اطلاعات دولت هاشمی که در ساخت برنامه تلویزیونی هویت و تخریب روشنفکران ایرانی از این طریق نقش داشت، در آن سالها به تهدید، آزار و حتی قتل روشنفکران و مخالفان متهم بود. قتل سعیدی سیرجانی، ماجرای ربودن فرج سرکوهی و قتل تعدادی از نویسندگان و دگراندیشان مذهبی پای این وزارتخانه نوشته شد. رئیس جمهوری وقت ایران البته واکنشی به این حوادث نداشت.
ترورهای خارجی و کشتار میکونوس ۱۹۹۲
عملیات وزارت اطلاعات علیه مخالفان جمهوری اسلامی در دوره ریاست جمهوری اکبر هاشمی رفسنجانی تنها به داخل کشور محدود نمی شد.
نیروهای امنیتی جمهوری اسلامی به رسم دهه شصت ترور مخالفان خود را در خارج از ایران ادامه دادند، با این تفاوت که این بار وزارت اطلاعات دولت اکبر هاشمی رفسنجانی با حمایت همه جانبه اطلاعاتی، نظامی، سیاسی و اقتصادی دولت در این ترورها نقش داشت.
هاشمی رفسنجانی و فلاحیان و ولایتی در میان متهمان ترور میکونوس
ماجرای ترور مخالفان کرد جمهوری اسلامی در رستوران میکونوس در برلین، شاخص ترین اقدام تروریستی دستگاه حکومتی ایران در آن دوره بود که محکومیت و واکنش شدید دولت‌های اروپایی را در پی داشت.
نقش ایران در بمبگذاری های آمیا و الخبر
یکی از دیگر حوادث مربوط به دوران ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی، وقوع انفجار در مرکز یهودیان آمیا در آرژانتین و انفجار در پایگاه نیروهای آمریکایی در عربستان موسوم به برجهای الخبر بود.
در این حوادث که در سالهای ۱۹۹۴ و ۱۹۹۶ رخ داد، انگشت اتهام به سوی حزب الله لبنان و حامی آن، دولت جمهوری اسلامی نشانه رفت.
حدود ۱۰ سال پس از انفجار در آمیا، دادستان کل آرژانتین حکم جلب اکبر هاشمی رفسنجانی و علی اکبر ولایتی، وزیر امور خارجه او را صادر کرد. پیشتر حکم جلب فلاحیان، وزیر اطلاعات وقت و تعدادی از فرماندهان سپاه نیز صادر شده بود.
شیرین عبادی: کارنامه حقوق بشری هاشمی مثبت نیست
در همین رابطه، شیرین عبادی حقوقدان ایرانی و برنده جایزه صلح نوبل نیز کارنامه اکبر هاشمی رفسنجانی در زمینه حقوق بشر را مثبت نمی داند.
او که وکالت خانواده قربانیان قتل های زنجیره ای را در اواخر دهه ۹۰ میلادی بر عهده داشت به صدای آمریکا گفت که متهمان این قتل ها که از کارمندان وزارت اطلاعات بودند به حدود ۴۰۰ قتل در زمان وزارت علی فلاحیان در وزارت اطلاعات دولت هاشمی اعتراف کرده بودند؛ قتلهایی که با اطلاع وزیر آقای هاشمی انجام شده بود.
خانم عبادی، نقش دولت جمهوری اسلامی در ترور میکونوس و بمبگذاری آمیا در زمان ریاست جمهوری هاشمی رفسنجانی را قابل توجه خواند. به گفته او در موضوع میکونوس مسئولان ایرانی محکوم شدند اما منافع اقتصادی دولت آلمان موجب شد که پرونده به طور کامل پیگیری نشود.
در مجموع منتقدان اکبر هاشمی رفسنجانی او را متهم می کنند که یا به عملیات سرکوب و آزار مخالفان معتقد بوده و در مقابل آن سکوت می کرده یا اینکه با واگذار کردن وزارتخانه‌های اطلاعات و فرهنگ و ارشاد اسلامی به نیروهای سرکوبگر و تندرو، به یک نوع تقسیم قدرت تن داده و خود را بیشتر مشغول اقدامات اقتصادی کرده است.
این انتقادات پس از روی کار آمدن دولت محمد خاتمی و وقوع قتلهای زنجیره ای پاییز سال ۷۷ به شکلی علنی علیه اکبر هاشمی رفسنجانی مطرح شد و از او به عنوان شخصی که با سکوت خود به عاملان این قتلها میدان داده است، یاد شد.