شورای نگهبان در بیانیه‌ای اعلام کرد «گزارش‌های نادرست و غیرمستند» منتشر شده در «برخی رسانه‌ها» و شبکه‌های مجازی که رهبر جمهوری اسلامی در سخنان اخیرش به آن اشاره کرد، «در نظریه نهایی» این شورا «موثر نبوده است.»
روز، جمعه چهاردهم خرداد، پس از سخنان رهبر جمهوری اسلامی مبنی بر «گزارش خلاف واقع راجع به فرزند یا خانواده» یک کاندیدا و «ظلم و جفا» به برخی ردصلاحیت‌شدگان در انتخابات و «نسبت‌های خلاف واقع به خانواده‌هایشان»، شورای نگهبان اعلام کرده بود که «به‌زودی بیانیه می‌دهد.»
سخنگوی شورای نگهبان نیز در توئیتی سخنان خامنهای را «فصل‌الخطاب» و «حکم» او را «لازم‌الاتباع» خوانده و نوشته بود: «شورای نگهبان مصون از خطا نیست.»
تصویر توییت سخنگوی شورای نگهبان پس از سخنرانی خامنهای
اما پس از اظهارات رهبر جمهوری اسلامی، مهدی فضائلی، عضو دفتر حفظ و نشر آیت‌الله خامنهای، گفت که اشاره رهبر به «جفا و ظلم» به برخی نامزدها تاثیری بر نتایج تصمیم شورای نگهبان ندارد و متوجه این شورا نیست. حساب اینستاگرام آیت‌الله خامنهای این اظهار نظر را در یک استوری منتشر کرد.
علی خامنهای با انتشار این استوری نشان داد منظور سخنانش شورای نگهبان نبوده است
حال شورای نگهبان «با توجه به محرمانه بودن بررسی صلاحیت‌ها» تاکید کرده که «مجموعه‌ای از موضوعات، مستندات و مدارک» را ارزیابی کرده و «برخی گزارش‌های نادرست» در «نظریه نهایی شورای نگهبان موثر نبوده است» و از رسانه‌ها خواسته «از استناد به امور غیرواقعی و نادرست» دوری کنند.
پیش‌تر ایسنا گزارش داده بود بر اساس اعلام کمیسیون تبلیغات انتخابات ریاست جمهوری، در صورت تغییر نظر شورای نگهبان نخستین مناظره انتخاباتی در پانزدهم خرداد، لغو خواهد شد. اما گمانه‌زنی‌ها برای تغییر رای شورای نگهبان به جایی نرسید.