اتحاد سیاسی دانشگاه و روحانیت دوام چندانی نداشت. تنها یک سال پس از تأسیس جمهوری اسلامی بود که اولین اختلاف ها آشکار شد و حکومت یک ساله به چشم دید که نه توان اعمال مدیریت فقهی بر دانشگاه را دارد و نه می تواند دانشگاه و دانشجو را با همه خواسته های سیاسی و اجتماعی خود همراه سازد.
بنابراین در اولین فرصت همه توافق ها نادیده گرفته شد و دانشگاه و دانشجو به نام انقلاب فرهنگی با یورش نیروهای رسمی امنیتی و هواداران آنان مواجه شد. سرکوب سازمان یافته بهار ۱۳۵۹ به تقلید از سایر انقلاب ها «انقلاب فرهنگی» نامیده شد. حادثه ای که جمهوری اسلامی همواره از آن دفاع کرده و در هر فرصتی برای ضرورت به رخ کشیدن قدرت خود آن را به دانشگاهیان یادآوری کرده است.
انقلاب فرهنگی می تواند تکرار شود و حاکمیت در صورت لزوم نه تنها با دانشگاهی و دانشجو مدارا نخواهد کرد بلکه این طبقه باید خود را با آن چه ارزشهای اسلامی نامیده می شود، همسو سازند.
در حوادثی که پس از انتخابات ریاست جمهوری در ایران رخ داد حکومت بار دیگر لزوم تجدید نظر در دانشگاهها و حتی مواد درسی رشته های علوم انسانی را یادآوری کرد. در واقع ریشه حوادث را در بروز دیدگاه های جدید مبتنی بر علوم انسانی یافت. به همین دلیل کم نبودند تحلیل گرانی که از طراحی برنامه های جدید در باره دانشگاه سخن می گفتند و بر این باور بودند که دانشگاه در معرض حمله قرار خواهد گرفت.
اکنون کامران دانشجو وزیرعلوم، تحقیقات و فناوری می گوید دانشگاه جای استادانی که علیه نظام فعالیت می کنند، نیست. وی تصریح کرد استاد و دانشجو باید به اسلام و ولایت فقیه التزام عملی داشته باشند.
وزیر علوم جمهوری اسلامی اضافه کرد بهتر است این افراد جایی جز دانشگاه برای فعالیت خود بیابند.
در عین حال دکتر علی عباسپور تهرانی رئیس کمیسیون آموزش و تحقیقات مجلس شورای اسلامی نسبت به تفکیک جنسیتی در دانشگاه شهید بهشتی تهران اعتراض کرده است. وی به خبرگزاری ایلنا گفت بحث تفکیک جنسیتی نه در مجلس و نه در شورای عالی انقلاب فرهنگی مطرح نبوده و تنها در حد حرف است. وی توضیح داده که کشیدن دیوار بین دانشجویان دختر و پسر امکان پذیر نیست و در واقع چنین عملی توهین به دانشگاهیان است.
این نماینده مجلس تأکید کرده است که باید یکی از مسئولان وزارت علوم در این باره پاسخگو باشد و شاید این پرسش بیش از هر زمان دیگری مطرح باشد که آیا اجرای چنین برنامه هایی در کشوری که با بحران سیاسی جدی روبروست و بیش از ۲ و نیم میلیون دانشجو دارد، امکان پذیر است؟