علی خامنه‌ای با صدور پیامی کشته شدن ابراهیم رئیسی در سانحه هوایی روز گذشته را «شهادت گونه» توصیف و محمد مخبر را مامور به «مدیریت قوه مجریه» کرد تا با «همراهی روسای قوای مقنّنه و قضائیه» ترتیبی دهند که ظرف «حداکثر پنجاه روز» رئیس جمهوری جدید انتخاب شود.
خامنه‌ای همچنین به مناسبت کشته شدن رئیسی و هیات همراهش پنج روز «عزای عمومی» اعلام کرد.
ساعاتی پیش خبر مرگ ابراهیم رئیسی، حسین امیرعبداللهیان، محمد علی آل‌هاشم ، مالک رحمتی و دیگر سرنشینان پرواز هیات همراه رئیس دولت جمهوری اسلامی در رسانه‌های رسمی حکومت ایران منتشر شد.
هیات دولت در پی مرگ ابراهیم رئیسی و هیات همراه، تشکیل جلسه داد و بیانیه‌ای صادر کرد و ضمن تسلیت سانحه بالگرد، اعلام کرد: «همراهی مردم بزرگوار کوچکترین خللی در مدیریت جهادی کشور ایجاد نخواهد شد.»
در پی اعلام رسمی کشته شدن ابراهیم رئیسی، جلسه فوق‌العاده «سران قوا» با حضور باقر قالیباف و غلامحسین محسنی‌اژه‌ای به میزبانی محمد مخبر، معاون اول رئیس دولت صبح دوشنبه برگزار شد.
طبق قانون اساسی جمهوری اسلامی در صورت مرگ رئیس جمهوری، معاون اول با تایید رهبر جمهوری اسلامی ریاست دولت را برعهده می‌گیرد و شورایی متشکل از روسای قوه مقننه، قضاییه و معاون اول دولت، مسئولیت اجرایی را برعهده می‌گیرند تا ظرف ۵۰ روز انتخابات ریاست جمهوری تازه‌ای برگزار شود.
پخش اخبار ضد و نقیض از حادثه بیش از ۱۶ ساعت پس از وقوع آن ادامه داشت و این موضوع باعث شد برخی این گمانه‌زنی را مطرح کنند که پنهان‌کاری شده است.
نیروهای امدادی جمهوری اسلامی مدعی بودند به‌دلیل مه شدید و شرایط جوی ناپایدار قادر به پیدا کردن محل و تعیین سرنوشت سرنشینان هلیکوپتر نیستند.
محل دقیق بالگرد سرنگون شده حدود ساعت ۴ صبح به وقت ایران و با کمک پهپاد دید در شب فرستاده شده از سوی ترکیه مشخص شد اما در ساعات بعد مقامات جمهوری اسلامی اصرار داشتند که تاکید کنند که محل حادثه توسط پهپادهای ایرانی شناسایی شده است.
رئیس پلیس سایبری کشور نیز از همان ساعات اولیه روز دوشنبه اعلام کرد «با دقت تمام در حال رصد فضای مجازی هستیم» و شهروندان را تهدید کرد که «در شرایط کنونی و حساس» از انتشار محتواهایی که «احساسات عمومی» را «تحریک» کند باید «خودداری» کنند.
از زمان انتشار خبر سانحه برای ابراهیم رئیسی و هیات همراه، کاربران ایرانی در رسانه‌های مجازی به این موضوع واکنش گسترده‌ای نشان دادند. مخالفان حکومت از این موضوع با نوشته‌هایی همراه طعنه و طنز ابراز خرسندی کردند و حامیان حکومت نیز با نوشته‌های «حماسی» به مرگ جمعی از مقامات جمهوری اسلامی پرداختند.