روح الله خمینی از ورود به تهران در۱۲ بهمن ۱۳۵۷ تا مرگش در خرداد ۱۳۶۸، حکومتی اقتدارگرا و تک صدایی ساخت و مخالفانش را با خشونت سرکوب کرد. هزاران زندانی سیاسی در این دوره شکنجه و اعدام شدند و زنان زندانی به صورت سازمان یافته مورد تعرض و تجاوز جنسی قرار گرفتند. به فرمان او اقلیت‌ها با خشونت سرکوب و رهبران و فعالانشان اعدام و زندانی شدند. اموال بهائیان مصادره و گروهی از رهبران و اعضایش اعدام یا مفقود شدند. او هیچ صدای مخالفی را تحمل نکرد و با ایجاد سپاه، کمیته‌ها و دادگاه‌های انقلاب نهادهای منتخب را نادیده گرفت و خود را به عنوان ولی فقیه، حاکم مطلق کشور کرد. حمایت از اشغال سفارت آمریکا و گروگانگیری کارکنانش تحریم‌های اقتصادی آمریکا را آغاز کرد و بحرانی در روابط خارجی ایجاد کرد و با ادامه جنگ با عراق بعد از آزادی خرمشهر، باعث هفت سال ویرانی و مرگ هزاران نفر شد. سیاست‌های سرکوبگرانه و خشونت‌بار او تا امروز توسط حکومت و جانشینش علی خامنه‌ای ادامه دارد.
- کشتار مقامات حکومت پیشین (۱۳۵۷)
روز ۲۶ بهمن به دستور او چهار فرمانده نظامی بدون محاکمه بر پشت‌بام مدرسه رفاه تیرباران شدند. کشتار مقامات و شخصیت‌های حکومت پیشین با صدور احکام ناعادلانه اعدام در دادگاه‌های انقلاب ادامه یافت.
- گروگانگیری سفارت آمریکا (۱۳۵۸-۱۳۵۹)
حمایت خمینی از اشغال سفارت آمریکا توسط هوادارانش، آغاز سیاست آمریکا ستیزی حکومت بود. گروگانگیری ۴۴۴ روزه روابط دو کشور را قطع و تحریم‌های اقتصادی را آغاز کرد.
دولت بازرگان در اعتراض استعفا کرد.
- حذف «گروه‌های انقلابی» (۱۳۵۸-۱۳۶۱)
با رسیدن به قدرت گروه‌های سیاسی انقلابی از جمله مجاهدین خلق، چپ‌گراها، ملی‌گراها و نهضت آزادی را به روش‌های مختلف حذف کرد و با تشکیل سپاه پاسداران و کمیته‌ها ساختاری را برای سرکوب مخالفان ایجاد کرد.
- سرکوب زنان و آزادی‌های اجتماعی (۱۳۵۸-۱۳۶۲)
اجباری شدن حجاب و سرکوب خشونت‌بار زنان معترض و سرکوب آزادی‌های اجتماعی به دستور خمینی از ماه‌های اول شروع شد. موسیقی و نمایش ساز در تلویزیون ممنوع و سینما و فعالیت‌های هنری محدود شد.
- «انقلاب فرهنگی» و سرکوب دانشگاه (۱۳۵۹-۱۳۶۲)
از سال ۱۳۵۹ دانشگاه‌ها تحت عنوان «انقلاب فرهنگی» تعطیل و استادان و دانشجویان غیر همسو با حکومت اخراج شدند. خمینی فضای دانشگاه‌ها را اسلامی کرد و منابع درسی را تغییر داد.
- سرکوب قومیت‌ها و اقلیت‌ها (۱۳۵۸-۱۳۶۲)
قیام مردم و گروه های سیاسی مخالف در کردستان، ترکمن‌صحرا و خوزستان با خشونت سرکوب و رهبرانش به دستور خمینی اعدام شدند.
- سرکوب بهائیان
خمینی بهاییان را از حقوق شهروندی محروم، بسیاری از رهبرانشان را اعدام و اموالشان را مصادره کرد؛ روندی که هنوز ادامه دارد.
- اصرار بر ادامه جنگ ایران و عراق (۱۳۵۹-۱۳۶۷)
با رد پیشنهاد آتش‌بس بعد از آزادی خرمشهر و اصرار بر ادامه جنگ باعث کشته شدن ده‌ها هزار نفر، آوارگی، ویرانی و خسارت مالی هنگفت شد. او در تیر ۱۳۶۷ با «نوشیدن جام زهر» بعد از هفت سال جنگ بی‌حاصل آتش بس را پذیرفت.
- کشتارهای سیاسی (۱۳۶۰ - ۱۳۶۷)
از آغاز دهه ۱۳۶۰ شکنجه و اعدام مخالفان سیاسی در زندان روندی تصاعدی گرفت. هزاران عضو و هوادار سازمان مجاهدین خلق بدون محاکمه اعدام شدند. گروه‌های چپ سرکوب شدند و بسیاری از زنان زندانی مورد تجاوز جنسی قرار گرفتند.
- فتوای قتل سلمان رشدی (۱۳۶۷)
صدور «حکم ارتداد و قتل سلمان رشدی» نویسنده کتاب «آیات شیطانی» از سوی خمینی، باعث واکنش شدید کشورهای غربی، قطع رابطه برخی کشورها با جمهوری اسلامی و تحمیل هزینه‌های سنگین سیاسی بر کشور شد.
- سیاست‌های اسرائیل‌ستیزانه و صدور انقلاب (۱۳۵۸-۱۳۶۸)
در پی ورود خمینی به تهران روابط سیاسی با اسرائیل قطع و حمایت از گروه‌های شبه‌نظامی شیعی در منطقه آغاز شد. حکومت میلیارد‌ها دلار صرف «صدور انقلاب» کرد تا خمینی عملاً آغازگر پدیده اسلام سیاسی در جهان شود.