نقش دادگاههای انقلاب اسلامی در برخورد با مخالفان سیاسی در ایران از جمله موارد انتقاد نهادهای مدافع حقوق بشر از حکومت ایران بوده است .
با وجود تصریح قانون اساسی ایران بر برگزاری محاکمات سیاسی در محاکم دادگستری و علنی بودن آنها، این دادگاههای انقلاب بوده‌اند که این محاکمات را برگزار کرده‌اند .
در آستانه فرارسیدن سی و هفتمین سال تشکیل دادگاههای انقلاب اسلامی در ایران ، بنیاد حقوق بشری عبدالرحمن برومند با انتشاراطلاعیه‌ای خواستار تعطیلی این دادگاهها شده است .
بنیاد برومند نوشته است این دادگاهها از زمان تاسیس تاکنون به ایجاد موج ترس در جامعه وسرکوب و به سکوت کشاندن مخالفان سیاسی مشغول بوده است .
دادگاههای انقلاب اسلامی دو هفته پس از پیروزی انقلاب در پنجم اسفند ماه سال ۱۳۵۷ با حکم آیت الله خمینی تاسیس شد .
بنیانگذار جمهوری اسلامی ایران در حکم خود به صادق خلخالی، به عنوان اولین رییس این دادگاهها نوشت «به جنابعالی ماموریت داده می‌شود تا در دادگاهی که برای محاکمه متهمان و زندانیان تشکیل می‌شود حضور به هم رسانده و پس از تمامیت مقدمات محاکمه با موازین شرعیه حکم شرعی صادر کنید.»
دولتمردان و امرای وابسته به نظام پیشین اولین قربانیان این دادگاهها بودند؛ دادگاههایی که بدون دسترسی متهمان به وکیل و دادرسی عادلانه انجام شد.
اعدام‌های دسته جمعی و شبانه، تیتر نخست روزنامه‌های ایران را به خود اختصاص داد؛ اعدام‌هایی که با اعتراض نهادهای بین‌المللی مدافع حقوق بشر روبرو شد.
با پاکسازی وابستگان به نظام شاهنشاهی و بالا گرفتن تنشهای سیاسی در ایران، این بار فعالان گروههای سیاسی مخالف حکومت از جمله سازمان مجاهدین خلق ایران و گروههای کرد مسلح مخالف حکومت مثل حزب دموکرات کردستان ایران و کومه له در تیررس این دادگاهها قرار گرفتند.
اسدالله لاجوردی، دادستان وقت انقلاب تهران نقش عمده‌ای در برخورد با مخالفان سیاسی حکومت ایفا کرد. او در سال ۱۳۷۷ ترور و کشته شد.
برخورد با مخالفان سیاسی اما محدود به اینگونه گروهها نشد و فعالان سیاسی و مدنی و منتقدان حکومت، روزنامه نگاران و فعالان دانشجویی نیز در این سالها به پرونده‌شان در این دادگاهها رسیدگی شده است .
در عین حال، نهادهای مدافع حقوق بشر می‌گویند احکام این دادگاهها تحت تاثیر نهادهای امنیتی و با انگیزه‌های سیاسی صادر می‌شوند .
ورود دادگاههای انقلاب به اینگونه پرونده‌ها در حالی صورت می‌گیرد که طبق اصل ۱۶۸ قانون اساسی جمهوری اسلامی ایران، محاکمات سیاسی باید علنی با حضور هیات منصفه و در محاکم دادگستری صورت گیرد.
محمد اولیائی فرد، حقوقدان و وکیل مدافع حقوق بشر ساکن کانادا به بخش فارسی صدای امریکا می‌گوید: «از آنجایی که دادگاه انقلاب در ابتدای تشکیلش دادگاهی موقت بوده و همچنان نیز در قانون اساسی جایی ندارد، احکام صادر شده در این دادگاه از لحاظ قانون اساسی غیرقانونی است، گرچه در قوانین ایران به عنوان دادگاهی عادی پیش بینی شده است.»
بخش دیگری از فعالیت دادگاههای انقلاب برخورد با جرائم مربوط به مواد مخدر است . این جرایم تا ۸۰ درصد تعداد اعدامها در ایران را شامل می‌شود .
بنیاد برومند در اطلاعیه خود نوشته است اسناد مربوط به اعدام حدود ۲۲ هزار نفر از سال ۱۳۵۷ بدین سو را بدست آورده است اما آمار حقیقی اعدام‌هایی که با حکم دادگاههای انقلاب انجام شده‌اند، از این هم بیشتر خواهد بود .