اسلام‌آباد به اتهامات افغانستان، مبنی بر آن که ارتش پاکستان از تروریسم حمایت می‌کند و به طالبان افغان یاری می‌رساند، واکنش نشان داد و وزارت امور خارجه پاکستان روز پنجشنبه گفت «وارد آوردن اتهام به نهادهای امنیت ملی پاکستان بی‌وقفه ادامه دارد، و عمیقاً ناراحت‌کننده است.»
سخنگوی وزارت خارجه پاکستان هرگونه دخالت پاکستان در «حملات تروریستی، فعالیت‌های شورشیان و گلوله‌باران‌های مرزی» را رد کرد و گفت تروریسم دشمنی مشترک در منطقه است؛ وارد آوردن اتهامات بی‌اساس بی‌فایده است و فقط دشمنان صلح از آن سود می‌برند.»
روز یکشنبه، شورای امنیت ملی افغانستان برای بررسی اسناد امنیتی که می‌گوید «افزایش حضور نظامی پاکستان در صفوف طالبان را ثابت می‌کند»، با حامد کرزای رئیس جمهوری افغانستان ملاقات کرد.
این شورا همچنین گفت پاکستان به تعهد خود برای جنگ با تروریسم عمل نکرده است، بجای آن به «فعالیت‌های خرابکارانه و حمایت از تروریسم ادامه می‌دهد.» شورا در ضمن ارتش پاکستان را به افزایش گلوله‌باران نواحی ولایت کونار در شرق افغانستان متهم کرد.
وزارت امور خارجه پاکستان در واکنش گفت عملیات نظامی جاری علیه طالبان و پیکارجویان مرتبط با القاعده در ناحیه قبیله‌ای وزیرستان شمالی در امتداد مرز افغانستان روشن‌ترین نشانه قاطعیت پاکستان به نبرد با تروریسم است.
سخنگوی وزارت امور خارجه پاکستان از مقام‌های افغان خواست برای بستن راه فرار تروریست‌ها و از بین بردن پناهگاه‌های تروریست‌ها در خاک افغانستان، گام‌های لازم را بر دارند.