محمدی گیلانی یکی از نخستین شخصیت‌های قضایی جمهوری اسلامی، سه‌شنبه شب، پس از یک دوره بستری شدن در بیمارستان به دلیل بیماری ریوی درگذشت.
محمد محمدی گیلانی که در هنگام مرگ ۸۴ سال داشت، پس از انقلاب به دستور آیت الله خمینی دادگاه های انقلاب اسلامی را بنیان گذاشت. او مدتی نیز حاکم شرع بود. گیلانی از جمله شخصیت های قضایی سال های اول انقلاب اسلامی است که به صدور حکم های جنجالی اعدام و حبس های طولانی در سال های نخست انقلاب اسلامی مشهور است.
داستان دستگیری دو پسر آیت الله محمدی گیلانی و صدور حکم اعدام برای آن دو توسط خود محمدی گیلانی، یکی از مشهورترین ماجراهای قضایی در ارتباط با گروه های سیاسی در ایران است. این موضوع البته هیچگاه از سوی مراجع رسمی تایید نشد. چندی پیش حسینعلی نیری، از مسئولان پیشین قوه قضاییه ایران، این داستان را تکذیب کرد و گفت که فرزندان محمدی گیلانی در هنگام خروج از مرز با خوردن قرص سیانور خود را کشته‌اند.
مجتبی واحدی، روزنامه نگار و فعال سیاسی مقیم آمریکا اما در مقاله‌ای نوشت که یکی از فرزندان محمدی گیلانی در درگیری‌های مسلحانه کشته شده است و دیگری احتمالا موفق به خروج از کشور شده است.
با وجود این خود او هیچ گاه موضوع محاکمه و اعدام پسرانش را به دست خود، تکذیب نکرد. برخی از مقام های جمهوری اسلامی مانند محمود احمدی نژاد، نیز بدون اشاره به پسران محمدی گیلانی، درباره او گفته اند که عدالت را، حتی درباره خودش، اجرا کرده است.
گیلانی در سال ۱۳۸۸ نشان درجه یک عدالت را از محمود احمدی‌نژاد دریافت کرد. او چند ماه بعد علیه معترضان به نتایج انتخابات ریاست جمهوری موضع‌گیری کرد و خواستار اعدام سران معترضان شد.
محمدی گیلانی مدتی عضو فقهای شورای نگهبان و و دبیر این شورا بود. نمایندگی آیت الله خمینی در دانشگاه ها، ریاست هیات عفو رهبر ایران، عضویت در مجمع تشخیص مصلحت نظام، عضویت در شورای بازنگری قانون اساسی، نمایندگی مردم تهران در مجلس خبرگان و ریاست دیوان عالی کشور از دیگر سمت‌های محمد محمدی گیلانی بود.