خبرگزاری مهر گزارش داده که آیت الله محمد صادق آملی لاریجانی روز چهارشنبه با اعلام این مطلب گفته است: بنده نظر خود را مستدل به ادله فقهی خدمت مقام معظم رهبری ارائه کردم که ایشان بنا بر صلاحدید خود در رابطه با این موضوع اعلام نظر خواهند کرد. این درحالی است که آیت الله هاشمی رفسنجانی، رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام جمهوری اسلامی ایران، روز اول مهر گفته بود: «وقف دانشگاه آزاد یک موضوع ابطال کردنی نیست.»
اطلاعات بیشتر در این باره در گزارشی از ماهمنیر رحیمی
دانشگاه آزاد اسلامی سال هاست موضوع بحث های متفاوت و بلکه جبهه گیری های متضاد بین مقامات و مسئولان مربوط قرار گرفته است. تازه ترین مجادله ها بر سر ملکیت این دانشگاه است، مدیران دانشگاه آزاد با پشتیبانی عمدتا اکبر هاشمی رفسنجانی، رییس مجمع تشخیص مصلحت نظام جمهوری اسلامی ایران، اموال این دانشگاه را «وقف» اعلام کرده اند. ولی از آن سو، شورای انقلاب فرهنگی با ریاست محمود احمدی نژاد و گروهای هوادار دولت، با وقف شدن این دانشگاه مخالفند.
در این میان، رییس قوه قضاییه نیز با اظهارات روز چهارشنبه خود، به نفع رای محمود احمدی نژاد موضع گرفت. هرچند هر دو گروه در نهایت به نظر رهبری ارجاع می دهند، گرچه دفتر آیت الله خامنه ای قبلا گفته بود با وقف دانشگاه موافقت نکرده و بررسی موضوع را به هیاتی محول کرده، آیت الله رفسنجانی در اظهارات روز اول مهر خود برای حقانیت وقف کردن این دانشگاه، به فتوای رهبری نیز استناد کرده و گفته: «فتوای رهبر انقلاب مبنی بر این مساله در شورای عالی انقلاب فرهنگی نیز خوانده شده است. «اما اکنون آیت الله صادق آملی لاریجانی گفته است اقای خامنه ای «بررسی موضوع وقف دانشگاه آزاد» را به او ارجاع کرد ه و او نیز معتقد است: این وقف مشکل فقهی و قانونی قطعی دارد و این سخن که وقف دانشگاه آزاد ابطال کردنی نیست به لحاظ فنی دقیق نیست .
آقای لاریجانی حتی در مورد رای قاضی دادگاه مبنی بر مجاز بودن وقف دانشگاه آزاد گفت که اگر چنین حکمی که به اعتقاد او «خلاف شرع است» به صورت قطعی درآید، وی طبق ماده ۱۸ قانون از اختیار رییس قوه قضاییه در لغو آرای قضایی استفاده می کند. وی گفت: البته این اقدام نیز انجام شد و در شعبه ای دیگر از دادگاه، این پرونده مورد بررسی قرار گرفت و در نهایت به ابطال وقف دانشگاه آزاد حکم داده شد.
این درحالی است که چندی پیش هیات موسس دانشگاه آزاد اسلامی اعلام كرده بود: اموال و دارایی‌های این دانشگاه وقف شده است. تاریخچه تاسیس و مدیریت این دانشگاه که در بیانیهی دبیرخانه هیات موسس آن منتشر شده، چنین خلاصه می شود:
در ۳۱ اردیبهشت ماه ۱۳۶۱ با پیشنهاد آقای هاشمی رفسنجانی و تایید و حمایت آقای خمینی با محوریت هیات موسس اولیه متشكل از آقایان خامنه ای، رفسنجانی، موسوی اردبیلی، عبدالله جاسبی، سید احمد خمینی و میرحسین موسوی دانشگاه آزاد اسلامی متولد شد، و اولین اساسنامه این دانشگاه در نخستین اجلاس هیات موسس در تاریخ ۱۱ آذر ۱۳۶۱ به تصویب و ۲۷ بهمن به ثبت رسید. در آن اساسنامه، به جای هیات امنا، شورای عالی دانشگاه آزاد اسلامی در نظر گرفته شد و آیت الله هاشمی رفسنجانی به ریاست آن شورا انتخاب و عبدالله جاسبی به سمت رییس دانشگاه منصوب گردید. این اساسنامه مبنای كار دانشگاه بود تا اینکه در دی ماه سال ۱۳۶۴ با توجه به آیین نامه تاسیس دانشگاه ها و موسسات آموزش عالی غیر دولتی و غیرانتفاعی مصوب شورای عالی انقلاب فرهنگی، اساسنامه ای جدید تهیه و در آبان ماه سال ۱۳۶۶ به تصویب شورای عالی انقلاب فرهنگی رسید.
اما چندی پیش شورای انقلاب فرهنگی با ریاست محمود احمدی نژاد اساسنامه ی تازه ای برای این دانشگاه تصویب کرد طوری که نظارت و مهار دولت بر آن را بیشتر کند.
اما، به گزارش خبرگزاری ایلنا، رییس هیات امنای دانشگاه آزاد اسلامی با تاکید بر اینکه هیچ اموال دولتی در مجموع دانشگاه آزاد نیست، گفته است: بر اساس فتوای رهبر و چهار مجتهد كه در هیات موسس حضور داریم تصمیم به وقف این دانشگاه گرفته‌ایم، صیغه آن نیز خوانده شد و قبض و اقباض نیز انجام شد كه فكر نمی‌كنیم كسی بتواند آن را به هم بزند و اگر كسی توانست این كار را انجام دهد از خداوند قوی تر است و از او پس می گیرد.