علی لاريجانی، رييس مجلس شورای اسلامی ايران، به سخنان محمود احمدی نژاد درباره مجلس واکنشی تند نشان داد و گفت اين حرف که «ديگر مجلس در رأس امور نيست،» واقعی نيست. همچنين، برخی از نمايندگان مجلس، چه از گروه اصلاح طلب و چه از جناح حامی ولايت فقيه، از اين اظهارنظر آقای احمدی نژاد شديدا انتقاد کرده اند.
در ايران قوه مجريه، قوه اول كشور است و رييس جمهور، بعد از رهبری، بالاترين مقام كشور است. محمود احمدی نژاد، رييس جمهوری اسلامی ايران، با اين سخنان خود، در روزنامه دولتی ايران، بار ديگر مخالفت های شديدی را اين بار از هر دو گرايش اصلاح طلب و محافظه کار، برانگيخت. از جمله رييس مجلس شورای اسلامی روز يکشنبه طی يک سخنرانی در اصفهان گفت «اين روزها در كشور حرف‌هايی زده مي‌شود كه حرف اصلی نيست.» به گزارش خبرگزاری ايلنا، علی لاريجانی با تأكيد بر جمله آيت الله خمينی، پايه گذار انقلاب اسلامی، مبنی بر اينکه «ميزان رای ملت است،» اظهار داشت «اين سخن كه در راس امور بودن مجلس مربوط به زمانی است كه نظام ايران پارلمانی بود، واقعی نيست.»
آقای احمدی نژاد انتخاب نخست وزير در سالهای پس از انقلاب ۱۳۵۷ از طريق مجلس را دليل آن می داند که «آن موقع مجلس بالاترين بود.» رييس مجلس اما ضمن مخالفت با اين استدلال، تصريح كرد «اين حرف واقعی نيست، زيرا نظام وقتی پارلمانی است كه رييس جمهور از درون پارلمان بيرون بيايد.» وی تأکيد کرد که اتفاقا در زمان آيت الله خمينی حقوق رييس جمهور در برخی بندها بيشتر بود. به اعتقاد رييس مجلس، قوه مقننه، قوه قضائيه و دولت به طور مستقل از يكديگر طراحی شدند تا بتوانند عدالت را در كشور متحقق كنند و ديکتاتوری، ايجاد نشود.
از سوی ديگر، چند نماينده در مجلس شورای اسلامی هم به مدعای رييس قوه مجريه، اعتراض کردند. خبرگزاری مهر، روز يکشنبه به نقل از علی مطهری نوشت «مجلس هنوز در رأس امور است و قدرت عزل رييس جمهور را دارد.» آقای مطهری گفت «بايد قوه ای به نام مجلس باشد تا تمايل به استبداد در دولت رشد نکند.» اين نماينده تهران ادامه داد «مجلس می تواند از طريق مطرح کردن سؤال از رييس جمهور، استيضاح وی و تصويب عدم کفايت سياسی، او را از قدرت عزل کند.» بنابراين مجلس دست بالا را دارد. با اين وجود آقای مطهری تأکيد کرد «اگرنظر رييس جمهور اين بوده است که مجلس فعلی در رأس امور نيست، شايد اين حرف درست باشد و من نيز آن را قبول داشته باشم.» او همچنين گفت «طبيعت قدرت اين است که ميل به سرکشی و تک روی دارد و اگر مانع و نظارتی جلوی خودش نبيند به استبداد منتهی می شود.» علی مطهری افزود «نمی شود مجلس در مقابل قانونگريزی دولت سکوت کند، چرا که اين اقدام خيانت به حقوق مردم است.» به گفته آقای مطهری، سخنان اخير احمدی نژاد اثری جز تخريب مجلس و تحريک نمايندگان ندارد و مغاير با وحدت ميان قوا در کشور است. وی درمورد دليل اين اظهار نظر احمدی نژاد گفت «شايد به قول خودشان يک «پروژه» است و شايد هم اتفاقی بوده است و همين جوری رييس جمهور يک اظهار نظری کرده اند.»
اما احمد توکلی، نماينده ديگر تهران در مجلس شورای اسلامی نيز می گويد «احمدی‌نژاد در حالی قانون اساسی را زير سؤال می‌برد که دو بار به آن قسم خورده است.» به نوشته سايت آفتاب رييس مرکز پژوهش‌های مجلس شورای اسلامی با تأکيد بر اينکه يکی از دلايل در رأس امور بودن مجلس تکثر قدرت در آن است، زير سؤال بردن اصول قانون اساسی پس از ۲۱ سال را تعجب‌آور دانست. به گفته او در اين اصول، مجلس در شکل کلی بر قوه مجريه برتری دارد دليل آن هم اين است که مجلس و نمايندگان آن می‌توانند همه وزراء را بدون رضايت رييس‌جمهور استيضاح کنند؛ اما عکس اين قضيه يعنی حذف مجلس برای رييس‌جمهور يا قوه مجريه امکان‌پذير نيست.
اما محمود احمدی نژاد می گويد قوه مجريه، قوه اول كشور است و رييس جمهوری، بعد از رهبری، بالاترين مقام كشور به حساب می آيد.
اقای احمدی نژاد می گويد «بعضی‌ها استقلال قوا را فقط برای قوه مقننه و قوه قضائيه می‌خواهند. اتفاقاً قوه مجريه، قوه اول كشور است.» اين بخشی از گفته های محمود احمدی نژاد، رييس‌جمهوری اسلامی ايران، بود که روز شنبه منتشر شد. وی به سخنان آيت الله خمينی اشاره می کند که «مجلس در راس امور است،» اما می گويد «اين جمله متعلق به زمانی است كه نظام ما پارلمانی بوده است.» زمانی که بنيانگذار جمهوری اسلامی اين را اظهار کرده است، به گفته آقای احمدی نژاد «رييس‌جمهور مسؤل اداره كشور نبوده بلكه نخست‌وزير مسؤل اداره كشور بود كه از طريق مجلس انتخاب می‌شده است.» آقای احمدی نژاد اين طريقه انتخاب نخست وزير را دليل آن می داند که «آن موقع مجلس بالاترين بود.» رييس دولت کنونی ايران می گويد «اكنون در قانون اساسی قوه مجريه بار اصلی اداره كشور را بر دوش دارد و قوای ديگر بايد كمكش كنند.» در همين حال آيت الله خامنه ای، رهبر جمهوری اسلامی، چندين بار به شکل تاييدی يادآور گفته آيت الله خمينی شده است مثلا در سال ۱۳۸۳ هنگام شروع فعاليت مجلس محافظه کار هفتم، تاکيد کرد «چنين مجلسی بی شک عصاره فضائل و بطور طبيعی در رأس امور خواهد بود.»
برخی صاجب نظران می گويند که به نظر می رسد اين اظهارات آقای احمدی نژاد واکنشی باشد به مخالفت هايی که حتی مجلس شورای اسلامی کنونی با سياست های محمود احمدی نژاد دارد؛ مجلسی که اکثر کرسی های آن در اختيار نمايندگان جناح هوادار رهبری است. طبق گزارشهای رسانه ها از بحث های علنی و غيرعلنی مجلس، اختلافات بر سر مواردی چون يارانه ها و لايحه بودجه سال ۱۳۸۹ و تدوين برنامه پنجم، بالا گرفته است.