محمد رضا خاتمی با اشاره به اظهارات سيد احمد خاتمی در مناسبت های مختلف ادعا کرده است اين خطيب نماز جمعۀ تهران بر اساس آموزه های اخلاق و قانون حرف نمی زند، عدل و انصاف را روا نمی دارد، يکطرفه به قاضی می رود و خرد را پشتيبان زبان قرار نمی دهد.
احمد خاتمی به عنوان يکی از خطيبان نماز جمعه تهران از منتقدان تندروِ اصلاح طلبان در ايران محسوب می شود. وی بويژه در ماه های اخير اصلاح طلبان و تشکل های سياسی آنان از جمله جبهه مشارکت را به تلاش برای براندازی نظام جمهوری اسلامی، متهم کرده است.
اکنون محمد رضا خاتمی نايب رييس سابق مجلس و برادر رييس جمهوری پيشين ايران در نامۀ خود خطاب به سيد احمد خاتمی می گويد بر گرد شما تار عنکبوتی از دروغ وفريب و اطلاعات نادرست تنيده اند که حتی نور آفتاب را نيز نمی بينيد و جز آنچه به شما ديکته می شود، بازگو نمی کنيد.
دبير کل سابق جبهه مشارکت ايران اسلامی از خطيب نماز جمعه تهران که جبهه مشارکت را متهم به براندازی کرده پرسيده است با چه سند و دليلی اين گونه، ادعا می کند.
جبهه مشارکت که دبير کل آن محسن ميردامادی پس از انتخابات اخير بازداشت و روانه زندان شد، در کنار سازمان مجاهدين انقلاب اسلامی در کانون انتقادات طرفداران دولت و رهبر جمهوری اسلامی، قرار گرفته است.
اخيرا کميسيون ماده ۱۰ احزاب وزارت کشور ايران در نامه ای به قوه قضاييه خواهان ابطال پروانه فعاليت اين دو تشکل شده است.