در دومین دیدار رهبر جمهوری اسلامی با هیات دولت حسن روحانی، آیت الله علی خامنه ای به طور ضمنی استیضاح وزیر علوم را تایید کرد و گفت که «وزرا باید خط قرمز فتنه سال ۸۸ را رعایت کنند». رهبر جمهوری اسلامی همچنین از رئیس جمهوری ایران خواست از دولت گذشته انتقاد نکند.