براساس حكم مصطفی محمد نجار وزیر كشور، صولت مرتضوی مسئولیت برگزاری انتخابات نهمین دوره مجلس شورای اسلامی و انتخابات میان‌دوره‌ای مجلس خبرگان رهبری در استان‌های خراسان رضوی و كردستان را بر عهده گرفت. و به این ترتیب فعالیت برای اولین انتخابات کشور، پس از انتخابات بحث انگیز ریاست جمهوری ۸۸ کلید خورد.
در آستانه انتخابات رياست جمهوری خرداد ۱۳۷۶، سید صولت مرتضوی، به خواست استاندار وقت خراسان از شهرستان لردگان به بيرجند منتقل و مسئولیت فرمانداری این شهرستان را بر عهده گرفت. اما تنها چند ماه پس از تصدی این سمت، طی حکم دیگری فرمانداری این شهرستان را به شخص دیگری سپرده راهی تهران شد.
وی پس از دوم خرداد و پیروزی اصلاح طلبان در سازمان زندان ها و اقدامات تامينی مشغول و به عنوان معاونت اين سازمان انتخاب شد.
آقای مرتضوی در دوران حضورش در این سازمان مدير مسئول ارگان رسمی سازمان زندانها، روزنامه حمايت، بود و همزمان عضویت علی البدل شورای مرکزی جمعيت ايثارگران انقلاب اسلامی و نيز جمعيت روزنامه نگاران مسلمان، تشکل موازی انجمن صنفی روزنامه نگاران، را برعهده داشت.
او در جريان انتخابات رياست جمهوری نهم به عنوان رئیس ستاد انتخاباتی محمود احمدی نژاد در خراسان جنوبی انتخاب و با حمایت ائمه جمعه و نمايندگان دست راستی این استان در مجلس شورای اسلامی به عنوان استاندار خراسان جنوبی منصوب شد.
سوابق آقای مرتضوی عبارتند از:بخشدار مركزی فارسان، فرماندار لردگان، فرماندار بيرجند، مدير كل اقدامات تأمينی سازمان زندان ها، مديركل امور اداری و مالی سازمان زندان ها، مدير مسئول روزنامه حمايت، دبير اجرايی انجمن روزنامه نگاران مسلمان، دبير انجمن روزنامه نگاران مسلمان، استاندار خراسان جنوبی، و معاون سیاسی وزارت کشور .
برخی منابع داخلی از وجود حاشیه هایی در زمان تصدی سمت های مختلف آقای مرتضوی سخن به میان آورده اند. حاشیه هایی چون: عدم انجام تشريفات در جريان سفر غير رسمی محمدخاتمی به مناطق زلزله زده بم، در زمان تصدی فرمانداری بیرجند، موضعگيري ها و عملکرد او در جريان تبليغات انتخابات و نيز واکنش های تند و عصبی وی در جريان شمارش و اعلام لحظه به لحظه نتايج انتخابات در بامداد سوم خرداد ۷۶ و همچنین درگیری فیزیکی وی با شیخ قدرت الله علیخانی نماینده قزوین در راهرو های مجلس شورای اسلامی در زمان تصدی معاونت وزارت کشور.