این پرسش که آیا ولایت فقیه با جمهوریت نظام تضاد دارد یا خیر، یکی از پرسش های بنیادین است که تا کنون در له یا علیه آن نظریات مختلفی ارايه شده است.
نظریه پردازان موافق با حکومت اسلامی عموماَ ریشه این پرسش را در مبانی لیبرالیستی غربی میدانند.
آنها با استناد به برخی موارد تاریخی اسلام همچون نحوه انتصاب امام اول شیعیان از سوی پیامبر به عنوان ولی مسلمانان، این ایده را مطرح میکنند که با وجود این موارد تاریخی اما در ساختار نظام مبتنی بر ولایت، همچنان مؤلفه های دمکراتیک و حق انتخاب از سوی مردم وجود دارد.
معتقدین به سازگاری جمهوریت و ولایت با اشاره به اولین انتخابات تاریخ نظام اسلامی در دوازده فروردین 1358، انتخاب این نظام و قانون اساسی آن را حاصل انتخاب مردم دانسته و معتقدند که ساختار و قوانین بر قرار شده پس از آن انتخاب نیز بر مبنای انتخابات مردمی است.
آنها حتی انتخاب رهبری توسط مجلس خبرگان را انتخاب غیر مستقیم مردم دانسته، در نتیجه تمام ساختار نظام را ناشی از انتخاب و اراده مردم معرفی می کنند.
اما در آن سو مخالفین این دیدگاه عموماَ اساس مخالفتشان را بر دو اصل قرار می دهند. آنها با پیشفرض گرفتن اصل حق رأی و انتخاب از سوی مردم برای یک نظام جمهوری، به مستنداتی از فقه شیعه اشاره دارند که در آن ولایت فقیه تعریف میشود.
آنها معتقدند که لازمه ولایت داشتن فقیه، مهجوریت مردم و عدم داشتن رشد و بلوغ اجتماعی آنان است. در این شرایط مبنای نصبِ فقیه از سوی شارع، ولایت را برای او ثابت میکند. پس رأی مردم در چنین شرایطی صوری است.
معتقدان به این نظریه در ادامه با ایراد نقايص حقوقی به مواردی همچون نظارت استصوابی و یا نحوه انتخاب وانتصاب افراد در نهادی همچون مجلس خبرگان رهبری، این شیوه را دارای اشکالات حقوقی دانسته و در نتیجه فلسفه وجودی چنین سیستمی را، یعنی حق انتخاب و تعیین سرنوشت از سوی مردم، فاقد جنبه عملی میدانند.
صرف نظر از تضاد جمهوریت و ولایت از بُعد نظری و کلامی، منتقدان در عرصه عمل نیز مواردی را مطرح میکنند که به اعتقاد آنها، هم در ساختار و هم در عملکرد، نظام اسلامی را بیش از پیش از جمهوریت به دور کرده است.
اختیارات غیر قابل کنترل و در مواردی نیز بدون نظارت ولی فقیه در قانون اساسی، تعاریف گنگ و کلی همچون اسلامی بودن قوانین و مقررات مدنی، جزایی، مالی، اقتصادی، اداری، فرهنگی، نظامی و سیاسی نمونه هایی هستند که به اعتقاد مخالفین، نظام اسلامی ایران را بیش از پیش از محتوای جمهوريت خالی کرده است.
این در حالی است که موافقین حکومت اسلامی در توضیح این شرایط، همواره اختیارات ولی فقيه را حق شرعی و الهی وی می دانند و یا آن را بخشی از مصلحت دین و کشور می پندارند.