دفتر تحکیم وحدت در گزارشی به احمد شهید، گزارشگر ویژه حقوق بشر ملل متحد برای ایران، به «بیش از دو هزار مورد» نقض حقوق دانشجویان در ایران اشاره کرده است.
این نهاد دانشجویی در گزارش سوم بهمن‌ماه خود دو هزار و ۵۰ مورد مختلف نقض حقوق بشر از فروردین ۱۳۸۸ تا شهریورماه سال جاری به ثبت رسانده است.
در بخشی از این گزارش آمده است: حاکمیت در این مدت همواره تلاش کرده‌است تا فعالیتهای دانشجویی برای پیگیری مسالمت‌آمیز و کاملا قانونی مطالبات»آنها را محدود کند، که «از جمله... می‌توان به ارعاب، محرومیت موقت یا دائم از تحصیل، تبعید به دانشگاه‌هایی در شهرهای دورافتاده، بازداشت، صدور و اجرای احکام سنگین حبس و شلاق و حتی حبس در تبعید اشاره کرد.
گزارش دفتر تحکیم وحدت با اشاره بر این که روسای دانشگاهها توسط دولت انتخاب می‌شوند، می گوید برخی از روسای دانشگاهها مستقیماً و بلاواسطه مسئول بسیاری از موارد نقض حقوق مسلم دانشجویان و اساتید و پیگیری مصرانه سیاست‌های سرکوب دولت بوده‌اند. در این گزارش نام برخی از روسای دانشگاهها که در سرکوب اساتید و دانشجویان با دولت همراهی می کنند آمده است.