در حالیکه معاون علی یونسی، دستیار ویژه رئیس جمهوری ایران، احضار یونسی به دادگاه ویژه روحانیت را تکذیب کرده بود، دادستان ویژه روحانیت تهران از احضار و صدور قرار تامین برای این مقام دولت ایران خبر داد.
محمد موحد، دادستان ویژه روحانیت تهران روز چهارشنبه به خبرگزاری ایسنا گفت: «در پی اظهارات آقای یونسی گزارش‌های مختلفی از سوی دادستانی عمومی تهران و مراجع امنیتی رسید و بر همین اساس آقای یونسی به دادسرای ویژه روحانیت احضار شد.»
وی گفت با احضار علی یونسی، دستیار ویژه رییس‌جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌های دینی و مذهبی، «تحقیقات لازم انجام، اظهارات او استماع و در نهایت برای او قرار تامین مناسب» صادر شد.
خبرگزاری‌های فارس و تسنیم، وابسته به نهاد‌های امنیتی، روز سه شنبه از احضار و بازپرسی علی یونسی توسط دادگاه ویژه روحانیت خبر داده بودند اما سعید زارع معاون یونسی، در گفتگو با خبرگزاری ایلنا این خبر را تکذیب کرد.
آقای زارع انتشار چنین اخباری را حاشیه سازی برای ادامه فشار به دولت دانسته بود.
خبرگزاری فارس گزارش داده بود که علی یونسی به دنبال بیان سخنان جنجالی درباره نقش ایران در منطقه که موجب واکنش‌های مختلفی در محافل سیاسی و اعتراض مقامات دولت عراق شد، به شعبه دادیاری دادسرای ویژه روحانیت احضار و مورد بازپرسی قرار گرفت.
دستیار ویژه حسن روحانی، روز هفدهم اسفند ماه در همایشی با عنوان «ایران، ملیت، تاریخ و فرهنگ» گفته بود، «در حال حاضر عراق نه فقط حوزه تمدنی نفوذ ماست، بلکه هویت، فرهنگ، مرکز و پایتخت ما است و این مسأله هم برای امروز است و هم گذشته. چرا که جغرافیای ایران و عراق غیر قابل تجزیه است و فرهنگ ما غیرقابل تفکیک است. پس ما یا باید با هم بجنگیم یا یکی شویم.»
این سخنان اعتراض شدید وزارت خارجه عراق را به دنبال داشت و در پی آن، تعدادی از نمایندگان مجلس نیز به شدت از یونسی انتقاد کردند.
علی یونسی در دوره ریاست جمهوری محمد خاتمی، وزیر اطلاعات بود.
