با آن که آیت اﻟله خامنه ای تقریبا در هر سخنرانی خود حمله ای نیز به آمریکا می کند و آن را "دشمن" خطاب می کند، جان کری در دورانی که وزیر خارجه آمریکا بوده است، بیش از همه وزیران خارجه کشورهای دیگر، با محمدجواد ظریف همتای ایرانی خود دیدار های دوجانبه داشته است. دست کم این رکورد تا ژوئیه ۲۰۱۵ پابرجا بوده است. رکورد این دیدارها در حالی است که سابقه آشنایی ظریف و کری به پیش از ازسرگیری مذاکرات هسته ای در دولت حسن روحانی بر می گردد.
دیدارهای طولانی وزیران خارجه آمریکا و ایران و تکرار این دیدارها، کیفیت رابطه این دو دیپلمات ارشد را به سطحی رساند که، بنا بر گزارش ها، دو نفر در جلسات یکدیگر را با اسامی کوچک صدا می کردند. قدم زدن جان و جواد در کنار هم در خیابان های ژنو، ماندگار و جنجالی شد و البته به آن شکل علنی دیگر تکرار نشد. اگر بتوان اینها را نشانه بوجود آمدن یک صمیمیت دانست، این صمیمیت به مذاق تندروهای ایران خوش نیامد.
آن زمان و در دوره قبلی مجلس شورای اسلامی، شماری از نمایندگان که حمید رسایی و مهدی کوچک زاده در رأس انها بودند، از وزیر امور خارجه ایران پرسیدند: "بر اساس کدام اصل عزت، حکمت و مصلحت با وزیر خارجه آمریکا پیاده روی کردید؟"
در ایالات متحده نیز جان کری برای اتخاذ موضع سختگیرانه تر در مذاکرات اتمی از طرف جمهوریخواهان و برخی دموکرات ها و گروه های لابی تحت فشار بود.
اما در ایران حسن روحانی رئیس جمهوری ایران از عملکرد هیئت مذاکرات کننده هسته ای خود به سرپرستی آقای ظریف، و در ایالات متحده نیز باراک اوباما رئیس جمهوری آمریکا از پیشبرد مذاکرات توسط آقای کری دفاع کردند. حسن روحانی خطاب به نمایندگان منتقد گفت: "این که دو نفر چگونه راه می‌روند، مهم نیست؛ مهم این است که به کدام سمت حرکت کرده‌اند و نتیجه این قدم زدن چه بوده است."
نتیجه مهم این "قدم زدن"، جدای از حصول یک توافق جامع و نهایی بر سر پرونده جنجال برانگیز هسته ای ایران، ایجاد یک "کانال ارتباطی" نادر بین تهران و واشنگتن در تاریخ روابط دو کشور بوده است.
با آن که آیت اﻟله علی خامنه ای رهبر جمهوری اسلامی گفته بود که طرف ایرانی فقط در مورد مسئله اتمی اجازه مذاکره دارد، اما در همان روز امضای توافق، پنج شهروند ایرانی-آمریکایی زندانی در ایران، در چارچوب یک توافق مبادله زندانیان، آزاد شدند؛ که چهار نفر آنها به ایالات متحده بازگشتند. آمریکا نیز چند ایرانی-آمریکایی دیگر را آزاد کرد.
مقامات دو طرف گفتند آزادی این افراد ربطی به امضای توافق نداشت و از قبل درباره آن صحبت می شد. در حقیقت وزیر خارجه ایالات متحده پیشتر گفته بود که دیپلمات های آمریکایی موضوع شهروندان آمریکایی زندانی یا ناپدید شده در ایران را در فرصت هایی که در حین مذاکره با دیپلمات های ایرانی پیش می آید، مطرح می کنند.
پس از امضای توافق نهایی اتمی قدرت های جهانی با ایران در ۲۳ تیر ماه ۱۳۹۴، تماس های وزیران خارجه ایران و آمریکا، که طرف های اصلی مذاکرات بودند، قطع نشد. آنها چندین بار، از جمله در شهرهای نیویورک و پاریس و وین، با یکدیگر گفتگو کردند.
جدای از آزادی شهروندان زندانی، مذاکرات طولانی اتمی و دیدارهای پی در پی جان کری و جواد ظریف، باب گفتگو بین دو کشور در مورد پرونده های دیگر را نیز گشود. در دیدار های ظریف و کری، مسائل سوریه نیز مطرح شده است؛ حتی اگر یک طرف صرفا به خاطر دستور آیت اﻟله خامنه ای، ممکن است تنها شنونده بوده است.
به نوشته روزنامه واشنگتن پست، یکی از دستیاران جان کری گفته است که وزیر خارجه آمریکا به دیپلماسی شخصی اعتقاد دارد. از آنجایی که محمدجواد ظریف سال های طولانی در آمریکا زندگی کرده، با سیاستمداران آمریکایی در زمان حضورش در آن کشور گفتگو کرده بود، و در سوی دیگر جان کری نیز خود داماد ایرانی دارد، و برقراری ارتباط شخصی بین این دو دیپلمات در زمان مذاکرات طولانی اتمی نباید دشوار بوده باشد.
اعتقاد جان کری به برقراری ارتباط شخصی دیپلماتیک دست کم باعث شد که از بروز یک درگیری احتمالی نظامی بین ایران و آمریکا و به خطر افتادن توافق اتمی جلوگیری شود؛ و آن به دورانی بر می گردد که سپاه پاسداران انقلاب اسلامی ایران، چند ملوان آمریکایی را که قایقشان دچار نقص فنی شده بود و به اشتباه وارد آب های ایران در خلیج فارس شدند، بازداشت کردند. کری با استفاده از ارتباطی که با ظریف ایجاد کرده بود، پس از مطلع شدن از این رویداد، پنج بار با او بطور مستقیم تماس تلفنی گرفت. حاصل این تماس ها، آزادی ملوانان آمریکایی طی ۲۴ ساعت بود.
مذاکرات ایران و ایالات متحده آمریکا در مورد موضوعات مختلف را می توان نتیجه گفتگوهای طولانی دو جانبه هسته ای جان کری و محمدجواد ظریف، و نیز ارتباط و شناختی که این دو نفر از یکدیگر پیدا کرده اند، دانست.