تنها محکومیت سعید مرتضوی رئیس سابق سازمان تامین اجتماعی،در پرونده تامین اجتماعی که ۱۳۵ ضربه شلاق بود با عفو رهبر ایران بخشیده شد.
مصطفی ترک همدانی وکیل مدافع تعدادی از کارگران تامین اجتماعی روز دوشنبه ۱۳ اسفند به خبرگزاری ایرنا گفته است که در عفو اخیر رهبر ایران حکم شلاق‌های تعزیری بخشیده شده که حکم شلاق تعزیری سعید مرتضوی در پرونده تامین اجتماعی نیز مشمول این عفو شده است.
سعید مرتضوی در پرونده تخلفات تامین اجتماعی به اتهام «تصرف اموال عمومی» به ۷۰ ضربه شلاق و به اتهام «اهمال در انجام وظیفه و تضییع اموال بیت المال» به ۶۵ ضربه شلاق محکوم شده بود.
پیشتر رئیس پیشین سازمان تامین اجتماعی در این پرونده برای تحصیل مال نامشروع به ۶ماه حبس تعلیقی و ۴۶ میلیون تومان رد مال نیز محکوم شده بود که در دادگاه تجدید نظر او از این دو اتهام تبرئه شد.
دادستان پیشین تهران اما در پرونده‌ای دیگر در ارتباط با مرگ یک بازداشتی در جریان اعتراضات ضددولتی سال ۸۸ به دو سال حبس محکوم شده است.
در دوران دادستانی آقای مرتضوی، دست کم سه تن از بازداشت شدگان این اعتراضات در بازداشتگاه کهریزک به قتل رسیدند و شمار بیشتری مورد شکنجه قرار گرفتند.
زهرا کاظمی، خبرنگار کانادایی ایرانی تبار نیز که پانزده سال پیش در جریان سرکوب اعتراض‌های مردمی برای دیدن خانواده اش به تهران سفر کرده بود، در بازداشتگاه اوین کشته شد که مرگ او مستقیما به درگیری و دخالت آقای مرتضوی نسبت داده شده است.
دادستان پیشین تهران، از جمله افرادی است که به عنوان ناقضان حقوق بشر در فهرست ۸۲ نفره تحریم‌های اتحادیه اروپا قرار گرفته است.
همچنین دیدبان حقوق بشر حکم دوسال زندان او را در مقایسه با جرایمی که مرتکب شده، «سبک» توصیف کرده و می‌گوید نام سعید مرتضوی با نقض حقوق بشر گره خورده است؛ جنایات کهریزک، تعطیلی گسترده روزنامه‌ها در ایران و برخورد قضایی با فعالان صلح طلبِ حقوق مدنی از جمله جرایمی است که سعید مرتضوی مرتکب شده است.
