سازمان میراث فرهنگی و گرشگری ایران با انتشار بیانیه‌ای از دفن شهدای گمنام در میدان تاریخی امیرچخماق یزد انتقاد کرد و آن را اقدامی خلاف قانون دانست.
در این بیانیه آمده است که این سازمان جلسات متعددی را برای بررسی و پیشنهاد مکانهای مناسب دفن شهدای گمنام به مسئولان مربوط برگزار کرده است «اما عوامل ذیربط با بی‌مهری نسبت به میراث فرهنگی و تاریخی و قوانین کشور برغم مصوبات شورای تامین استان یزد و توصیه مسئولین ملی و استانی مبنی بر جابجایی محل یاد شده» اقدام به دفن کردند.
موضوع دفن بقایای تعدادی از کشته‌های گمنام جنگ ایران و عراق در میدان امیرچخماق یزد طی روزهای گذشته خبرساز شده بود. سازمان میراث فرهنگی و گردشگری به دلیل اینکه دفن شهدای گمنام جنگ موجب از دست رفتن بخت جهانی شدن مجموعه امیرچخماق می‌شود، با این اقدام مخالفت می‌کرد.
مجموعه امیرچخماق یزد مربوط به دوره تیموریان(قرن نهم هجری) شامل بازار، تکیه، مسجد و آب انبار است که در فهرست آثار تاریخی ایران ثبت شده است.
طبق قانون، هر گونه تغییر در «اماکن و محوطه های مذهبی – فرهنگی و تاریخی که در فهرست آثار ملی ثبت شده اند، برخلاف شئونات اثر و بدون مجوز از سوی سازمان میراث فرهنگی کشور» مجازاتی شامل «رفع آثار تخلف و جبران خسارت وارده و حبس از سه ماه تا یک سال» دارد.
با وجود مخالفت‌های سازمان میراث فرهنگی، عوامل پیگیر دفن، که از سوی کمیته جستجوی مفقودین نیروهای مسلح، «جمعی از کسبه و بازاریان یزد و جوانان این شهر» معرفی شده‌اند، ۸ گور در میدان امیرچخماق کندند و روز دوشنبه اول دی ماه نیز بقایای دو نفر از کشته‌های گمنام جنگ را در آنجا دفن کردند.
این در حالیست که سازمان میراث فرهنگی در بیانیه خود آورده که مکانهای جایگزینی را برای دفن پیشنهاد داده که مورد توجه مسئولان قرار گرفته است و سازمان میراث فهرهنگی نیز طبق نظر شورای تامین استان در حال مقدمات دفن شهدای گمنام در مکانهای جایگزین بوده است.
با این حال بسیج دانشجویی، جامعه اسلامی دانشجویان و انجمن اسلامی دانشگاه یزد در بیانیه‌ای اعلام کرد که دربارهدفن شهدا در میدان امیرچخماق از رهبر جمهوری اسلامی استفتا کرده است و آیت‌الله خامنه‌ای نظر مساعد داشته است. کمیته جستجوی مفقودین نیروهای مسلح نیز در بیانیه خود، به موافقت و اعلام رضایت محمد رضا ناصری، نماینده ولی فقیه و امام جمعه استان یزد با این موضوع، اشاره کرده بود.
به گفته درویش امیری، معاون امور استان‌ها و حقوقی سازمان میراث فرهنگی ایران، با توجه به اهمیت مسئله رعایت حریم آثار تاریخی، این تدفین‌ها باعث می‌شود که پرونده ثبت بافت تاریخی یزد در فهرست میراث جهانی یونسکو، از دستور کار خارج شود.
سازمان میراث فرهنگی، صنایع دستی و گردشگری در بیانیه خود آورده که «از طریق مسئولان ذی ربط و قانون» تلاش کرده است که «به دور از هیاهو و جنجال سازی و نیز با مذاکرات غیرعلنی برای حل مشکل به طرق قانونی» اقدام کند اما دفن بدون توجه به این تلاشها انجام شده است.
در ادامه نیز آمده است: «مسئولیت هر گونه عواقب فرهنگی و تاریخی و حفاظت از بنای مذکور متوجه کسانی است که بر خلاف قوانین مرتبط و تصمیمات مراجع قانونی استان، اقدام به این کار کرده‌اند».