آیت الله عظما حسینعلی منتظری با انتشار بیانیه ای از برخوردهای به گفته او«تند و غیرعقلایی» حکومتی در مواجهه با مردم به شدت انتقاد کرد. آیت الله منتظری مردم ایران را دعوت به آن کرد که «خواسته های منطقی و برحق» خود را با آرامش و متانت مطرح و پیگیری کنند.
این مرجع تقلید شیعیان از اعمال و روش های مسئولان در برابر خواسته های «به حق» مردم ابراز تاسف کرد و گفت «چنین روش هایی در باور هیچ انسان منصفی نمی گنجد.»
آیت الله منتظری در ادامه بیانیه اش ضمن ابراز تاسف و ناراحتی از برخوردها و رفتارهای چند روز گذشته ی نیروهای دولتی در برابر حرکات خودجوش و اعتراض آمیز مردمی نسبت به نتایج اعلام شده انتخابات اخیر ریاست جمهوری در ایران می گوید در برابر مردم احساس شرمندگی می کند و صراحتا اعلام می دارد که «اسلام و سیره نبوی و منش علوی با رفتا حاکمان فعلی تفاوتی آشکار دارد.» به گفته آیت الله حسینعلی منتظری: «این برخوردها و سیاست ها که زیر لوای حاکمیت دینی انجام می شود، موجب بدبینی اقشار وسیعی از مردم به اصل اسلام و حاکمیت دینی خواهد شد.»
او می گوید در«کشور و نظامی که بیش از سی سال است به اسلامیت و شیعه بودن خود می بالد، چگونه تهران و برخی شهرهای بزرگ ایران را به پادگانی بزرگ تبدیل کرده اند و با سیاست های غلط خود نیروهای نظامی و انتظامی را در مقابل مردم قرارداده اند و با راه انداختن مأموران لباس شخصی ناجوانمردانه به جان جوانان و مردان و زنان ایران تاخته و آنان را به خاک و خون می کشند و با انحصاری کردن تمامی امکانات رسانه ای و تبلیغاتی، روشنفکران و فرهیختگان و دانشجویان را وابسته به اجانب می خوانند و هر روز به بهانه ای آنان را دستگیر و زندانی می کنند.» او سپس می پرسد:« چرا آمار فرار مغزها از کشور تا این میزان بالاست؟»
آیت الله منتظری در ادامه بیانیه ای که در تاریخ سوم تیر ۸۸ منتشر شده است می گوید:« این که عده ای نسبت به حکومت خودی بوده و بتوانند دست به هر جنایتی بزنند، به خوابگاه دانشجویان حمله کنند و فرهیختگان را وحشیانه ترور کنند و از مجازات مصون باشند با هیچ دین و آئینی سازگار نیست.» او سپس با اشاره به تمامی کشته شدگان حوادث اخیر خیابانی می نویسد:« اینجانب برای کلیه شهدا مخصوصاً شهیدان چند روز گذشته علو درجات و برای بازماندگان آنان صبر جمیل و اجر جزیل از خداوند خواستارم.»
آیت الله منتظری از مردم می خواهد که «در کمال متانت و آرامش با آگاهی کامل خواسته های منطقی و برحق خود را پیگیری کنند و به مسئولان و سردمداران حکومتی نیز سفارش می کند که با برخوردهای تند و غیرعقلایی بیش از این موجب بی اعتمادی ملت به آنان و جدایی مردم از نظام نگردند و به خاطر اشتباهات انجام شده از مردم عذرخواهی کنند.» آیت الله حسینعلی منتظری سپس خواستار تشکیل هیاتی بی طرف و دارای اختیارات تام می شود تا انتخابات اخیر را به سرانجامی قابل قبول برسانند. او هشدار می دهد:«اگر امروز مردم خواسته های به حق خود را در اجتماعات آرام مطرح نکنند و مظلومانه سرکوب شوند، عقده هایی شکل خواهد گرفت که ممکن است بنیان هر حکومتی را برکند.»