علی یونسی وزیر پیشین اطلاعات ایران و دستیار ویژه رئیس جمهوری کنونی ایران در گفتگویی اختصاصی با خبرگزاری فارس که روز دوشنبه منتشر شد گفته است دولت حسن روحانی هنوز وزارت اطلاعات را بطور کامل «در دست» نگرفته است.
وزیر پیشین اطلاعات در دولت محمد خاتمی در آذر ماه سال گذشته نیز گفته بود که هنوز وزارت اطلاعات به «تسخیر» دولت حسن روحانی در نیامده است و در گفتگو با خبرگزاری فارس برای توضیح آن گفت «واژه تسخیری که من گفتم تعبیر دقیقی نبود، منظور این بود که دولت هنوز این وزارتخانه را بطور کامل در دست نگرفته است.»
وی در ارزیابی خود از عملکرد محمود علوی وزیر اطلاعات دولت حسن روحانی گفت «من فقط می‌گویم آقای علوی رویکرد اخلاقی و قانونی دارد و باید کمکش کنیم تا تسلط لازم را به طور کامل بر کارش پیدا کند.»
آقای یونسی در ادامه با بیان این که وزارت اطلاعات از جایگاه امنیتی و حاکمیتی برخوردار بوده و طول می‌کشد تا کاملاً ملاحظات دولت در آنجا جاری شود، گفت «البته این موضوع شامل همه وزارتخانه‌ها می‌شود، اما اینجا حساسیت بیشتری دارد.»
به باور کارشناسان، افرادی که برای تصدی مقام وزارت در برخی از وزارتخانه‌های حساس و کلیدی ایران، از جمله اطلاعات، کشور، امور خارجه و نفت، معرفی می‌شوند، یا توسط رهبر جمهوری اسلامی به دولت‌ها توصیه می‌شوند یا با هماهنگی کامل و تائید نهایی او به عنوان وزیر پیشنهادی به مجلس معرفی می‌شوند.
به دنبال حوادث پس از انتخابات ریاست جمهوری ۱۳۸۸ که منجر به انتخاب مجدد محمود احمدی‌نژاد شد و اعتراضات گسترده خیابانی در پی داشت، به باور کارشناسان اختلافات به بدنه وزارت اطلاعات نیز کشیده و در نهایت سپاه پاسداران بر آن وزارتخانه مسلط شد.
دستیار ویژه رئیس جمهوری در امور اقوام و اقلیت‌ها در ادامه گفتگوی خود با خبرگزاری فارس دستگیری عبدالمالک ریگی رهبر پیشین گروه سنی جندالله را از کارهای «درخشان اطلاعاتی» توصیف کرد، اما در عین حال گفت «کاش در اجرای حکم ریگی عجله نمی‌شد و او را زنده نگه می‌داشتند.»
گروه جندالله با شعار دفاع از حقوق اقلیت‌ها در منطقه سیستان و بلوچستان به مبارزه مسلحانه با حکومت می‌پرداخت. تهران آن گروه را به قاچاق مواد مخدر، آدم‌ربایی و قتل مردم عادی و نظامیان، بویژه اعضای سپاه پاسداران، متهم کرده و آن را یک «گروه تروریستی» می‌داند.
عبدالمالک ریگی روز ۳۰ خرداد ۱۳۸۹ به اتهام «محاربه و افساد فی‌الارض» در زندان اوین به دار آویخته شد.