جنگ جناحی میان اصولگرایان از زمانی عیان شد که اختلاف نظر رییس قوه مجریه و رهبری جمهوری اسلامی بر سر بودن و نبودن وزیر اطلاعات در کابینه دهم، پا در رسانه ها و محافل سیاسی باز کرد. گر چه بعد از بیعت احمدی نژاد و علی خامنه ای، گمان می رفت انتقادهای لفظی و شدید چهره های نزدیک به رهبری و نیز محافظه کاران از رییس کابینه دهم به پایان برسد، اما خبر ها حکایت از آن دارد که هنوز پس لرزه های انتقادی در بدنه نظام، دامنگیر محمود احمدی نژاد و نزدیکان وی است.
در تازه ترین این موضع گیری ها، امامان جمعه تهران در محافل جداگانه ای بار دیگر رفتار احمدی نژاد را در بوته انتقاد گذاشته اند. احمد خاتمی، امام جمعه موقت تهران و عضو خبرگان رهبری در گفتگو با نشریه «شما» وابسته به حزب موتلفه اسلامی به مسائل اخیر سیاسی کشور از جمله قهر رئیس جمهور، مشایی،نقش جامعه مدرسین حوزه علمیه قم در انتخابات ریاست جمهوری دهم و... پرداخت.
وی در این مصاحبه با تاکید بر این که رای ما به احمدی‌نژاد در انتخابات، فقط به خاطر نظر رهبری بود گفت: «بنده تلاشم در جهت رأی به جناب احمدی نژاد فقط به خاطر تمکین از نظر مقام معظم رهبری بوده است و بس و فکر می‌کنم اکثریت آرای ایشان از همین قبیل، یعنی آرای کسانی بود که عاشق مقام معظم رهبری هستند. تحلیل ما هم تحلیل درستی بود. برداشت ما این بود که اگر جریان فتنه رأی می‌آورد، مشکلات عدیده داشتیم.»
این در حالی است که میر حسین موسوی و مهدی کروبی دو رقیب احمدی نژاد در انتخابات ریاست جمهوری همچنان بر باور خود مبنی بر این که در دهمین انتخابات ریاست جمهوری ایران تقلب صورت گرفته است، پافشاری می کنند. این عضو شورای نگهبان قانون اساسی ایران، با تاکید بر این که رفتار آقای احمدی نژاد در روزهای اخیر «زاویه با ولایت» بوده است ادامه داد: انتظار از جناب رئیس جمهوری که حداقل در دور دوم انتخابات با حمایت حامیان ولایت، به صحنه اجرائی کشور آمدند و در آخرین اظهار نظرشان که بعد از چند روز، در اولین جلسه هیئت دولت ایراد کردند، به صراحت فرمودند که همراه با ولایت هستند؛ این بود که بلافاصله نظر حکومتی مقام معظم رهبری را تمکین کنند. این انتظار، انتظار بجا و به حقی بود که متأسفانه برآورده نشد. ایشان بعد از ۱۰ روز به ریاست جمهوری تشریف بردند، اما ما انتظار حتی یک دقیقه ناخشنودی را هم نداشتیم.
به هر روی پس از ۱۷ روز قهر سیاسی بلاخره احمدی نژاد رضایت داد جلسه هیات دولت را با حضور مصلحی وزیر مستعفی کابینه اش مدیریت کند. گر چه کارشناسان سیاسی بر این باورند که پشت پرده این آشتی، نوعی بده بستان سیاسی نهفته است.
تاریخ ثبت شده سیاست دهه هشتاد در ایران گواه آن دارد که محمود احمدی نژاد در مقام رییس جمهوری نهم و دهم همواره دست یاری ،علی خامنه ای را به همراه داشته است و موضع گیری های رهبری در انتخابات دهم ریاست جمهوری در مقابل کروبی و موسوی دو یار قدیمی خود از بدو انقلاب مهر تائیدی بر این حمایت بود.
در یکی دیگر از موضع گیری های جنجالی این روز های حامیان رهبری، کاظم صدیقی، امام جمعه موقت تهران در مورد وجوب اطاعت از رهبر جمهوری اسلامی از تریبون نماز جمعه گفت: «ما معتقدیم اگر حضرت آقا همسر آقای رئیس جمهور را طلاق بدهد، همسر رئیس جمهور برایش حرام می‌‌شود و رئیس جمهور نمی تواند به او دست بزند وی در خطبه های نماز جمعه تهران با اشاره به اینکه «هرکس فرمان ولایت را اطاعت نکند، نمازش قبول نیست و چنین شخصی در برابر خدا ایستاده است» اعلام کرد: «نشان دادن قدرت در برابر دشمن، جهاد اصغر است، اما کسی که بخواهد اهل بهشت شود، باید در برابر ولی زانو بزند». امام جمعه موقت تهران که در پی ادامه حملات روحانیون و اصولگرایان حامی رهبری به احمدی نژاد این سخنان را ایراد کرد، در بخش دیگری از سخنان خود به نقل از آیت الله گلپایگانی گفت: اگر در نظام کارهای خلاف شرعی انجام شود، در صورتی که اعلام آن نظام را تضعیف کند، نباید آن را بیان کرد.